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重点修改：
将第一百零六条改为第一百零八条，第一项修改为：“（一）“侦查”是指公安机关、人民检察院对于刑事案件，依照法律进行的收集证据、查明案情的工作和有关的强制性措施”。
将第十八条改为第十九条，第二款修改为：“人民检察院在对诉讼活动实行法律监督中发现司法工作人员利用职权实施的非法拘禁、刑讯逼供、非法搜查等侵犯公民权利、损害司法公正的犯罪，可以由人民检察院立案侦查。
增加一条，作为第一百七十条：“人民检察院对于监察机关移送起诉的案件，依照本法和监察法的有关规定进行审查。人民检察院经审查，认为需要补充核实的，应当退回监察机关补充调查，必要时可以自行补充侦查。
“对于监察机关移送起诉的已采取留置措施的案件，人民检察院应当对犯罪嫌疑人先行拘留，留置措施自动解除。人民检察院应当在拘留后的十日以内作出是否逮捕、取保候审或者监视居住的决定。在特殊情况下，决定的时间可以延长一日至四日。人民检察院决定采取强制措施的期间不计入审查起诉期限。”
本栏目雷剑解读：二审稿该条的修改，明确了从事“侦查”工作就二个机关，公安机关和检察院，从而间接的明确了监察委的调查工作不属于“侦查”。从而也明确了监察委工作人员不属于司法机关工作人员，因此监察委工作人员利用职权实施的非法拘禁、刑讯逼供、非法搜查等侵犯公民权利、损害司法公正的犯罪，不属于检察院立案侦查的范围。
另外，需要注意的是，检察院对司法工作人员利用职权实施的非法拘禁、刑讯逼供、非法搜查等侵犯公民权利、损害司法公正的犯罪，是可以立案。注意用词“可以由检察院立案侦查”而不是“由检察院立案侦查”，这是因为监察体制改革后，国家公职人员属于监察对象，根据《监察法》，监察委对国家公职人员享有当然的监察立案、调查、处置的权力，这其中就包含了“司法工作人员”，所以在诉讼监督中发现的对“司法工作人员”的侦查，可以由检察院立案，前提是监察委认为由检察院立案更加合适的情况下的让与，如果监察委认为不适合由检察院立案的，监察委仍然可以决定立案。这个在中纪委、国家监委下发的《国家监察委员会管辖规定（试行）》中也可以印证，规定“由人民检察院管辖更为适宜的可以由人民检察院管辖”。据此，各地监委今后工作中，遇到司法工作人员利用职权实施的非法拘禁、刑讯逼供、非法搜查等侵犯公民权利、损害司法公正的犯罪，也需要把握是否由检察院管辖更为合适，并不是机械的一律由检察院管辖。
中华人民共和国刑事诉讼法（修正草案）
（二次审议稿）
一、增加一条，作为第十五条：“犯罪嫌疑人、被告人自愿如实供述自己的罪行，承认指控的犯罪事实，愿意接受处罚的，可以依法从宽处理。”
二、将第十八条改为第十九条，第二款修改为：“人民检察院在对诉讼活动实行法律监督中发现司法工作人员利用职权实施的非法拘禁、刑讯逼供、非法搜查等侵犯公民权利、损害司法公正的犯罪，可以由人民检察院立案侦查。对于公安机关管辖的国家机关工作人员利用职权实施的重大犯罪案件，需要由人民检察院直接受理的时候，经省级以上人民检察院决定，可以由人民检察院立案侦查。”
三、将第三十二条改为第三十三条，增加一款，作为第三款：“被开除公职和被吊销律师、公证员执业证书的人，不得担任辩护人，但系犯罪嫌疑人、被告人的监护人、近亲属的除外。”
四、增加一条，作为第三十六条：“法律援助机构可以在人民法院、人民检察院、看守所派驻值班律师。犯罪嫌疑人、被告人没有委托辩护人，法律援助机构没有指派律师为其提供辩护的，由值班律师为犯罪嫌疑人、被告人提供法律咨询、程序选择建议、申请变更强制措施、对案件处理提出意见等法律帮助。
“人民法院、人民检察院、看守所应当告知犯罪嫌疑人、被告人有权约见值班律师，并为犯罪嫌疑人、被告人约见值班律师提供便利。”
五、将第三十七条改为第三十九条，第三款修改为：“危害国家安全犯罪、恐怖活动犯罪案件，在侦查期间辩护律师会见在押的犯罪嫌疑人，应当经侦查机关许可。上述案件，侦查机关应当事先通知看守所。”
六、将第七十三条改为第七十五条，第一款修改为：“监视居住应当在犯罪嫌疑人、被告人的住处执行；无固定住处的，可以在指定的居所执行。对于涉嫌危害国家安全犯罪、恐怖活动犯罪，在住处执行可能有碍侦查的，经上一级公安机关批准，也可以在指定的居所执行。但是，不得在羁押场所、专门的办案场所执行。”
七、将第七十九条改为第八十一条，增加一款，作为第二款：“批准或者决定逮捕，应当将犯罪嫌疑人、被告人涉嫌犯罪的性质、情节，认罪认罚等情况，作为是否可能发生社会危险性的考虑因素。”
八、将第一百零六条改为第一百零八条，第一项修改为：“（一）“侦查”是指公安机关、人民检察院对于刑事案件，依照法律进行的收集证据、查明案情的工作和有关的强制性措施”。（“刑事实务”公号导读：相比一审稿，二审稿在检察院后面删除了“等机关”，明确排除了监察委）
九、将第一百一十八条改为第一百二十条，第二款修改为：“侦查人员在讯问犯罪嫌疑人的时候，应当告知犯罪嫌疑人享有的诉讼权利，如实供述自己罪行可以从宽处理的法律规定和认罪认罚的法律后果。”
十、将第一百四十八条改为第一百五十条，第二款修改为：“人民检察院在立案后，对于利用职权实施的严重侵犯公民人身权利的重大犯罪案件，根据侦查犯罪的需要，经过严格的批准手续，可以采取技术侦查措施，按照规定交有关机关执行。”
十一、将第一百六十条改为第一百六十二条，增加一款，作为第二款：“犯罪嫌疑人自愿认罪的，应当记录在案，随案移送，并在起诉意见书中写明有关情况。”
十二、增加一条，作为第一百七十条：“人民检察院对于监察机关移送起诉的案件，依照本法和监察法的有关规定进行审查。人民检察院经审查，认为需要补充核实的，应当退回监察机关补充调查，必要时可以自行补充侦查。
“对于监察机关移送起诉的已采取留置措施的案件，人民检察院应当对犯罪嫌疑人先行拘留，留置措施自动解除。人民检察院应当在拘留后的十日以内作出是否逮捕、取保候审或者监视居住的决定。在特殊情况下，决定的时间可以延长一日至四日。人民检察院决定采取强制措施的期间不计入审查起诉期限。”（“刑事实务”公号导读：相比一审稿，二审稿规定了检察院先行拘留期间不计入审查起诉时间，类似于单独的“批捕”程序）
十三、将第一百六十九条改为第一百七十二条，第一款修改为：“人民检察院对于监察机关、公安机关移送起诉的案件，应当在一个月以内作出决定，重大、复杂的案件，可以延长十五日；犯罪嫌疑人认罪认罚，符合速裁程序适用条件的，应当在十日以内作出决定，对可能判处的有期徒刑超过一年的，可以延长至十五日。”
十四、将第一百七十条改为第一百七十三条，修改为：“人民检察院审查案件，应当讯问犯罪嫌疑人，听取辩护人或者值班律师、被害人及其诉讼代理人的意见，并记录在案。辩护人或者值班律师、被害人及其诉讼代理人提出书面意见的，应当附卷。
犯罪嫌疑人认罪认罚的，人民检察院应当告知其享有的诉讼权利和认罪认罚的法律后果，听取犯罪嫌疑人、辩护人或者值班律师、被害人及其诉讼代理人对下列事项的意见，并记录在案：
（一）涉嫌的犯罪事实、罪名及适用的法律规定；
（二）从轻、减轻或者免除处罚等从宽处罚的建议；
（三）认罪认罚后案件审理适用的程序；
（四）其他需要听取意见的事项。
人民检察院依照前两款规定听取值班律师意见的，应当提前为值班律师了解案件有关情况提供必要的便利。”
十五、增加一条，作为第一百七十四条：“犯罪嫌疑人自愿认罪，同意量刑建议和程序适用的，应当在辩护人或者值班律师在场的情况下签署认罪认罚具结书。
“犯罪嫌疑人认罪认罚，有下列情形之一的，不需要签署认罪认罚具结书：
“（一）犯罪嫌疑人是盲、聋、哑人，或者是尚未完全丧失辨认或者控制自己行为能力的精神病人的；
“（二）未成年犯罪嫌疑人的法定代理人、辩护人对未成年人认罪认罚有异议的；
“
（三）其他不需要签署认罪认罚具结书的情形。”
十六、将第一百七十二条改为第一百七十六条，增加一款，作为第二款：“犯罪嫌疑人认罪认罚的，人民检察院应当在起诉书中就主刑、附加刑、刑罚执行方式等提出量刑建议，并随案移送认罪认罚具结书等材料。”（“刑事实务”公号导读：一审稿“可以”，二审稿改成了“应当”，这样改动更具有可操作性，否则很难落实）
十七、将第一百七十三条改为第一百七十七条，第三款修改为：“人民检察院决定不起诉的案件，应当同时对侦查中查封、扣押、冻结的财物解除查封、扣押、冻结。对被不起诉人需要给予行政处罚、处分或者需要没收其违法所得的，人民检察院应当提出检察意见，移送有关主管机关处理。有关主管机关应当将处理结果及时通知人民检察院。”（“刑事实务”公号导读：此条系二审稿新增加的内容，给了检察机关办案以点到面的权限和责任，改变部分案件办理中，刑事犯罪不起诉比行政处罚还要轻的奇怪现象）
十八、第二编第三章增加一条，作为第一百八十二条：“犯罪嫌疑人自愿如实供述涉嫌犯罪的事实，有重大立功或者案件涉及国家重大利益的，经最高人民检察院核准，公安机关可以撤销案件，人民检察院可以作出不起诉决定，也可以对涉嫌数罪中的一项或者多项不起诉。
“根据前款规定不起诉或者撤销案件的，人民检察院、公安机关应当及时对查封、扣押、冻结的财物及其孳息作出处理。”
十九、将第一百七十八条改为第一百八十三条，修改为：“基层人民法院、中级人民法院审判第一审案件，应当由审判员三人或者由审判员和人民陪审员共三人或者七人组成合议庭进行，但是基层人民法院适用简易程序、速裁程序的案件可以由审判员一人独任审判。
“高级人民法院审判第一审案件，应当由审判员三人至七人或者由审判员和人民陪审员共三人或者七人组成合议庭进行。
“最高人民法院审判第一审案件，应当由审判员三人至七人组成合议庭进行。
“人民法院审判上诉和抗诉案件，由审判员三人至五人组成合议庭进行。
“合议庭的成员人数应当是单数。
“合议庭由院长或者庭长指定审判员一人担任审判长。院长或者庭长参加审判案件的时候，自己担任审判长。”
二十、将第一百八十五条改为第一百九十条，增加一款，作为第二款：“被告人认罪认罚的，审判长应当告知被告人享有的诉讼权利和认罪认罚的法律后果，审查认罪认罚的自愿性和认罪认罚具结书内容的真实性、合法性。”
二十一、增加一条，作为第二百零一条：“对于认罪认罚案件，人民法院依法作出判决时，一般应当采纳人民检察院指控的罪名和量刑建议，但有下列情形的除外：
“（一）被告人不构成犯罪或者不应当追究刑事责任的；
“（二）被告人违背意愿认罪认罚的；
“（三）被告人否认指控的犯罪事实的；
“（四）起诉指控的罪名与审理认定的罪名不一致的；
“（五）其他可能影响公正审判的情形。
“人民法院经审理认为量刑建议明显不当，或者被告人、辩护人对量刑建议提出异议的，人民检察院可以调整量刑建议。人民检察院不调整量刑建议或者调整量刑建议后被告人、辩护人仍有异议的，人民法院应当依法作出判决。”（“刑事实务”公号导读：二审稿在法院不采纳检察院量刑建议特殊情况中，删除了一审稿中“量刑建议明显不当的”的情况，并且将该情况归在检察院可以调整的权限中，由此说明，对于认罪认罚的案件，检察院的量刑建议，法院是要采纳的）
二十二、第三编第二章增加一节，作为第四节：
“第四节速裁程序
“第二百二十二条基层人民法院管辖的可能判处三年有期徒刑以下刑罚的案件，案件事实清楚，证据确实、充分，被告人认罪认罚并同意适用速裁程序的，可以适用速裁程序，由审判员一人独任审判。
“人民检察院在提起公诉的时候，可以建议人民法院适用速裁程序。
“第二百二十三条有下列情形之一的，不适用速裁程序：
“（一）被告人是盲、聋、哑人，或者是尚未完全丧失辨认或者控制自己行为能力的精神病人的；
“（二）有重大社会影响的；
“（三）共同犯罪案件中部分被告人对指控的事实、罪名、量刑建议有异议的；
“（四）被告人与被害人或者其法定代理人没有就附带民事诉讼赔偿等事项达成调解或者和解协议的；
“（五）其他不宜适用速裁程序审理的。
“第二百二十四条适用速裁程序审理案件，不受本章第一节规定的送达期限的限制，不进行法庭调查、法庭辩论，但在判决宣告前应当听取辩护人的意见和被告人的最后陈述意见。
“适用速裁程序审理案件，应当当庭宣判。
“第二百二十五条适用速裁程序审理案件，人民法院应当在受理后十日以内审结；对可能判处的有期徒刑超过一年的，可以延长至十五日。
“第二百二十六条人民法院在审理过程中，发现有被告人违背意愿认罪认罚、被告人否认指控的犯罪事实或者其他不宜适用速裁程序审理的情形的，应当按照本章第一节的规定重新审理。”
二十三、将第二百五十条改为第二百六十一条，第二款修改为：“被判处死刑缓期二年执行的罪犯，在死刑缓期执行期间，如果没有故意犯罪，死刑缓期执行期满，应当予以减刑的，由执行机关提出书面意见，报请高级人民法院裁定；如果故意犯罪，情节恶劣，查证属实，应当执行死刑的，由高级人民法院报请最高人民法院核准；对于故意犯罪未执行死刑的，死刑缓期执行的期间重新计算，并报最高人民法院备案。”
二十四、将第二百六十条改为第二百七十一条，修改为：“被判处罚金的罪犯，期满不缴纳的，人民法院应当强制缴纳；如果由于遭遇不能抗拒的灾祸等原因缴纳确实有困难的，经人民法院裁定，可以延期缴纳、酌情减少或者免除。”
二十五、第五编增加一章，作为第三章：
“第三章缺席审判程序
“第二百九十一条对于贪污贿赂犯罪案件，以及需要及时进行审判，经最高人民检察院核准的严重的危害国家安全犯罪、恐怖活动犯罪案件，犯罪嫌疑人、被告人潜逃境外，监察机关、公安机关移送起诉，人民检察院认为犯罪事实已经查清，证据确实、充分，依法应当追究刑事责任的，可以向人民法院提起公诉。人民法院进行审查后，对于起诉书中有明确的指控犯罪事实的，应当决定开庭审判。
“前款案件，由犯罪地或者被告人居住地的中级人民法院组成合议庭进行审理。
“第二百九十二条人民法院应当通过有关国际条约中规定的或者外交途径提出的司法协助方式，或者受送达人所在地法律允许的其他方式，将传票和人民检察院的起诉书副本送达被告人。传票和起诉书副本送达后，被告人未按要求到案的，人民法院应当开庭审理，依法作出判决，并对违法所得及其他涉案财产作出处理。
“第二百九十三条人民法院缺席审判案件，被告人有权委托辩护人，被告人的近亲属可以代为委托辩护人。被告人及其近亲属没有委托辩护人的，人民法院应当通知法律援助机构指派律师为其提供辩护。
“第二百九十四条人民法院应当将判决书送达被告人及其近亲属、辩护人。被告人或者其近亲属不服判决的，有权向上一级人民法院上诉。辩护人经被告人或者其近亲属同意，可以提出上诉。
“第二百九十五条在审理过程中，被告人自动投案或者被抓获的，人民法院应当重新审理。
“罪犯在判决、裁定发生法律效力后到案的，人民法院应当将罪犯交付执行刑罚。交付执行刑罚前，人民法院应当告知罪犯有权对判决、裁定提出异议。罪犯对判决、裁定提出异议的，人民法院应当重新审理。
“依照生效判决、裁定对罪犯的财产进行的处理确有错误的，应当予以返还、赔偿。
“第二百九十六条由于被告人患有严重疾病，无法出庭的原因中止审理超过六个月，被告人仍无法出庭，被告人及其法定代理人申请或者同意恢复审理的，人民法院可以在被告人不出庭的情况下缺席审理，依法作出判决。
“第二百九十七条被告人死亡的，人民法院应当裁定终止审理；但有证据证明被告人无罪，人民法院经缺席审理确认无罪的，应当依法作出判决。
“人民法院按照审判监督程序重新审判的案件，被告人死亡的，人民法院可以缺席审理，依法作出判决。”